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上海保翔水族有限公司

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nvita gupta, james zou 在 　　arxiv 上貼出他們近期的工作 　　，利用 gans 來生成編碼可變長度蛋白質(zhì)的合成 dna 序列。 需要介紹一下合成生物學(xué)。 　　合成生物蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%制應(yīng)用于兩個(gè)例子：1）產(chǎn)生編碼抗菌肽的合成基因；2）優(yōu)化合成基因用于其所產(chǎn)生肽的二級(jí)結(jié)構(gòu)。我們采用幾項(xiàng)指標(biāo)表明 gan 產(chǎn)生的蛋白質(zhì)具有理想的生物物理特性。fbgan 體系結(jié)構(gòu)也可用于優(yōu)化 gan 生成蛋白與每個(gè)amp之間的距離，然后繪制平均值。 　amps 和反饋后產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的組內(nèi)編輯距離，以評(píng)估反饋循環(huán)后 gan 產(chǎn)生的基因的變異性。 組內(nèi)編輯距離通過從組中選擇 500 個(gè)序列并計(jì)算組中每個(gè)蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%也繼續(xù)上升。 　　值得注意的是，盡管反饋閾值是 0.8，但隨著訓(xùn)練的進(jìn)行預(yù)測(cè)結(jié)果不斷提高，甚至遠(yuǎn)超閾值。這表明閉環(huán)訓(xùn)練對(duì)閾值的變化是穩(wěn)健的。此外，閉環(huán)訓(xùn)練后產(chǎn)生的序列中 93.3% 的具有正確的基因結(jié)題一：隨時(shí)間的優(yōu)化 　　為了回答個(gè)問題，作者檢查了在反饋過程中分析器對(duì)生成器 g 生成序列的預(yù)測(cè)情況。如下圖所示，經(jīng)過 10 個(gè)閉環(huán)訓(xùn)練后，分析器預(yù)測(cè)大部分序列都是抗菌的；經(jīng)過 60 個(gè)閉環(huán)訓(xùn)練后蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%結(jié)構(gòu)是從生成的基因序列中進(jìn)行從頭折疊（ab initio folding）產(chǎn)生的，使用基于知識(shí)的力場(chǎng)無模板折疊從 quark 服務(wù)器。 總結(jié) 　　這個(gè)工作的新穎點(diǎn)在于： 　　將 gans 的技術(shù)應(yīng)度進(jìn)行歸一化。從圖 a 中，可以看出編輯距離的分布在反饋后向小端發(fā)生了移動(dòng)；而另一方面從圖 b 中，反饋后的序列相比抗菌肽序列，有更高的內(nèi)在編輯距離。這些表明該模型沒有過度擬合/復(fù)制單個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)。 已知蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%成的數(shù)據(jù)點(diǎn)，以獲取基因組以外的有用屬性。

成的數(shù)據(jù)點(diǎn)，以獲取基因組以外的有用屬性。蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%的忠實(shí)用戶，但今年3月她刪除了自己的賬號(hào)，因?yàn)樗X得這讓她心煩意亂，浪費(fèi)了她的時(shí)間?，F(xiàn)在她把時(shí)間花在了instagram上。 雖然布魯澤斯承認(rèn)轉(zhuǎn)而使用facebook旗下另一項(xiàng)服務(wù)讓人覺得諷刺，但她說對(duì)的基因序列需要進(jìn)一步探索； 　　在文中作者為了降低難度，而專注于生成具有明確的起始/終止密碼子結(jié)構(gòu)并且只有四個(gè)核苷酸的基因序列，那么能否直接生成蛋白質(zhì)序列（有 26 個(gè)酸）呢？這也需要進(jìn)一步探索。蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%，幾乎所有的序列都是高度可能具有抗菌性（大于 0.99）。 直方圖顯示了隨著閉環(huán)訓(xùn)練的進(jìn)行，產(chǎn)生的基因是抗菌的預(yù)測(cè)概率。 雖然大多數(shù)序列初被賦予0.1抗菌性，但隨著訓(xùn)練的進(jìn)行，幾乎所有的序列終都被構(gòu)，這表明訓(xùn)練沒有犧牲基因結(jié)構(gòu)，反而是被強(qiáng)化了。 　　問題二：沒有過度擬合 　　如何檢測(cè)生成序列與實(shí)驗(yàn)性抗菌基因的相似性呢？或者說如何判斷生成序列沒有過擬合呢？這就需要根據(jù)編碼蛋白質(zhì)的序列和生理化學(xué)性蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%于非常辛苦地進(jìn)行基因剪接，而是開始構(gòu)建遺傳密碼，以期利用合成的遺傳因子構(gòu)建新的生物體。有人甚至認(rèn)為合成生物學(xué)將催生下一次生物技術(shù)革命。合成生物學(xué)在很多領(lǐng)域?qū)⒕哂械膽?yīng)用前景，例如更有效的的生產(chǎn)、（feedback gan，fbgan）由兩部分組成。 個(gè)部分為 gan（準(zhǔn)確的說，作者采用了 gan 的變體 wasserstein gan，wgan），它產(chǎn)生的新型基因序列不具有任何性質(zhì)。蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%（feedback gan，fbgan）由兩部分組成。 個(gè)部分為 gan（準(zhǔn)確的說，作者采用了 gan 的變體 wasserstein gan，wgan），它產(chǎn)生的新型基因序列不具有任何性質(zhì)。

們提出了一種新型反饋循環(huán)架構(gòu)，稱之為 feedback gan（fbgan）。該模型使用外部函數(shù)分析器優(yōu)化合成基因序列以獲得所需特性。我們所提出的這個(gè)架構(gòu)具有分析器不需要可微分的優(yōu)點(diǎn)。我們將反饋循環(huán)機(jī)蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%親和力，或者所生成的大分子的二級(jí)結(jié)構(gòu)等。 　　因此作者在文章中，提出了一種新的利用 gan 生成 dan 的反饋循環(huán)機(jī)制，并使用單的預(yù)測(cè)期（稱為「函數(shù)分析器」）來優(yōu)化這些序列，以獲得期望的屬性。常 gan 的訓(xùn)練一樣了。隨著反饋過程的繼續(xù)，在每個(gè)歷元中，鑒別器 d 的整個(gè)訓(xùn)練集都將被分析器中分?jǐn)?shù)的生成序列所替換。 　　結(jié)果 　　按照上述模型的流程進(jìn)行試驗(yàn)后，作者通過兩項(xiàng)標(biāo)準(zhǔn)測(cè)量了 fbgan蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%一定數(shù)量的序列，隨后輸入到分析器中；分析器預(yù)測(cè)每個(gè)基因序列的有利程度，并將 n 個(gè)有利的序列輸入到鑒別器（discriminator）中，作為發(fā)生器模仿以小化損失函數(shù)的「真實(shí)」數(shù)據(jù)。隨后就和通序列與每個(gè)其他序列之間的距離來計(jì)算; 然后取這些距離的平均值并繪制出來。 　　另一方面是通過測(cè)量所得蛋白質(zhì)的生理化學(xué)性質(zhì)來看其相似性，如下表所示。從表中可以看出，由閉環(huán)序列編碼的蛋白質(zhì)在十個(gè)物理化學(xué)性蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%于非常辛苦地進(jìn)行基因剪接，而是開始構(gòu)建遺傳密碼，以期利用合成的遺傳因子構(gòu)建新的生物體。有人甚至認(rèn)為合成生物學(xué)將催生下一次生物技術(shù)革命。合成生物學(xué)在很多領(lǐng)域?qū)⒕哂械膽?yīng)用前景，例如更有效的的生產(chǎn)、新和改進(jìn)的物、以生物學(xué)為基礎(chǔ)的制造、利用可再生能源生產(chǎn)可持續(xù)能源、環(huán)境污染的生物治理、可以檢測(cè)有毒化學(xué)物質(zhì)的生物傳感器等。 　　但是，像幾乎所有需要借助人工智能的學(xué)科一樣，目前的合成生物技術(shù)大多還蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%是手動(dòng)，這需要大量的時(shí)間、勞力以及豐富的領(lǐng)域經(jīng)驗(yàn)；另一方面，他們現(xiàn)在有大量的基因組和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)集。于是自然就有人想到是否能夠利用 ai 技術(shù)，通過揭示這些數(shù)據(jù)集中的模式，幫助他們?cè)O(shè)計(jì)出的生物分子，從

第二個(gè)部分是分析器，在個(gè)使用案例中，作者選用一個(gè)可微分神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)作為分析器，它接收基因序列并預(yù)測(cè)序列編碼抗菌肽的概率。 　　事實(shí)上分析器是一個(gè)黑箱，它的作用就是接收基因序列，并用一個(gè)分?jǐn)?shù)來預(yù)測(cè)基因蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%成蛋白與每個(gè)amp之間的距離，然后繪制平均值。 　amps 和反饋后產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的組內(nèi)編輯距離，以評(píng)估反饋循環(huán)后 gan 產(chǎn)生的基因的變異性。 組內(nèi)編輯距離通過從組中選擇 500 個(gè)序列并計(jì)算組中每個(gè)構(gòu)，這表明訓(xùn)練沒有犧牲基因結(jié)構(gòu)，反而是被強(qiáng)化了。 　　問題二：沒有過度擬合 　　如何檢測(cè)生成序列與實(shí)驗(yàn)性抗菌基因的相似性呢？或者說如何判斷生成序列沒有過擬合呢？這就需要根據(jù)編碼蛋白質(zhì)的序列和生理化學(xué)性蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%的忠實(shí)用戶，但今年3月她刪除了自己的賬號(hào)，因?yàn)樗X得這讓她心煩意亂，浪費(fèi)了她的時(shí)間?，F(xiàn)在她把時(shí)間花在了instagram上。 雖然布魯澤斯承認(rèn)轉(zhuǎn)而使用facebook旗下另一項(xiàng)服務(wù)讓人覺得諷刺，但她說nvita gupta, james zou 在 　　arxiv 上貼出他們近期的工作 　　，利用 gans 來生成編碼可變長度蛋白質(zhì)的合成 dna 序列。 需要介紹一下合成生物學(xué)。 　　合成生物蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%用來編碼可變長度蛋白質(zhì)的合成 dan 序列。 　　當(dāng)然若要合成的分子可以應(yīng)用于各種真實(shí)環(huán)境中，則不僅僅是要用 gans 生成新型的序列，還需要根據(jù)所需性質(zhì)對(duì)產(chǎn)生的序列進(jìn)行優(yōu)化，例如序列對(duì)特定配體的成的數(shù)據(jù)點(diǎn)，以獲取基因組以外的有用屬性。蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%因此用來作為 gans 模型的案例很具優(yōu)勢(shì)。第二個(gè)案例，主要是考慮到蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)（例如α-螺旋或β-折疊）的問題，這種二級(jí)機(jī)構(gòu)即使在較短的肽中也會(huì)出現(xiàn)。 　　模型 　　如下圖所示，反饋 gan 模型

編碼抗菌肽的基因和優(yōu)化編碼α-螺旋肽的基因。 　　但是這項(xiàng)工作仍然有一些有待改進(jìn)的地方。例如： 　　在文中作者限制基因長度為 50 個(gè)堿基對(duì)，對(duì)于較長的基因仍然存在困難，如何將這種方法推廣到數(shù)千個(gè)堿基蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%質(zhì)來判斷了。 　　下圖 a 顯示了已知抗菌肽和反饋前、后合成基因的蛋白質(zhì)之間的平均編輯距離直方圖。圖 b 顯示了抗菌肽蛋白內(nèi)以及反饋后合成基因序列編碼的蛋白內(nèi)的內(nèi)在編輯距離。所有的編輯距離通過序列的長，幾乎所有的序列都是高度可能具有抗菌性（大于 0.99）。 直方圖顯示了隨著閉環(huán)訓(xùn)練的進(jìn)行，產(chǎn)生的基因是抗菌的預(yù)測(cè)概率。 雖然大多數(shù)序列初被賦予0.1抗菌性，但隨著訓(xùn)練的進(jìn)行，幾乎所有的序列終都被蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%親和力，或者所生成的大分子的二級(jí)結(jié)構(gòu)等。 　　因此作者在文章中，提出了一種新的利用 gan 生成 dan 的反饋循環(huán)機(jī)制，并使用單的預(yù)測(cè)期（稱為「函數(shù)分析器」）來優(yōu)化這些序列，以獲得期望的屬性。gan 和分析器在一定的預(yù)訓(xùn)練歷元（pretraining epochs）后通過反饋機(jī)制連接起來，這時(shí)候發(fā)生器（generator）才能產(chǎn)生有效序列。一旦反饋機(jī)制開始，在每個(gè)歷元中，發(fā)生器 g 產(chǎn)生蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%制應(yīng)用于兩個(gè)例子：1）產(chǎn)生編碼抗菌肽的合成基因；2）優(yōu)化合成基因用于其所產(chǎn)生肽的二級(jí)結(jié)構(gòu)。我們采用幾項(xiàng)指標(biāo)表明 gan 產(chǎn)生的蛋白質(zhì)具有理想的生物物理特性。fbgan 體系結(jié)構(gòu)也可用于優(yōu)化 gan 生序列與每個(gè)其他序列之間的距離來計(jì)算; 然后取這些距離的平均值并繪制出來。 　　另一方面是通過測(cè)量所得蛋白質(zhì)的生理化學(xué)性質(zhì)來看其相似性，如下表所示。從表中可以看出，由閉環(huán)序列編碼的蛋白質(zhì)在十個(gè)物理化學(xué)性蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%編碼抗菌肽的基因和優(yōu)化編碼α-螺旋肽的基因。 　　但是這項(xiàng)工作仍然有一些有待改進(jìn)的地方。例如： 　　在文中作者限制基因長度為 50 個(gè)堿基對(duì)，對(duì)于較長的基因仍然存在困難，如何將這種方法推廣到數(shù)千個(gè)堿基

作者使用這個(gè)模型做了兩個(gè)案例實(shí)驗(yàn)：1）生成抗菌肽的編碼 dan 序列；2）生成α-螺旋抗菌肽的編碼 dan 序列。其中前者對(duì)細(xì)菌、病毒和真菌具有廣泛的抗菌活性，由于它們通常很短（少于 50 個(gè)酸），蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%因此用來作為 gans 模型的案例很具優(yōu)勢(shì)。第二個(gè)案例，主要是考慮到蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)（例如α-螺旋或β-折疊）的問題，這種二級(jí)機(jī)構(gòu)即使在較短的肽中也會(huì)出現(xiàn)。 　　模型 　　如下圖所示，反饋 gan 模型學(xué)是生物科學(xué)在 21 世紀(jì)才剛剛出現(xiàn)的一個(gè)分支學(xué)科，其研究方法就是從基本的要素系統(tǒng)地去設(shè)計(jì)和合成生物物質(zhì)（例如合成蛋白質(zhì)、dna 片段等）。據(jù)雷鋒網(wǎng)了解，近年來合成生物學(xué)成長很快，科學(xué)家們已經(jīng)不局限蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%質(zhì)來判斷了。 　　下圖 a 顯示了已知抗菌肽和反饋前、后合成基因的蛋白質(zhì)之間的平均編輯距離直方圖。圖 b 顯示了抗菌肽蛋白內(nèi)以及反饋后合成基因序列編碼的蛋白內(nèi)的內(nèi)在編輯距離。所有的編輯距離通過序列的長的忠實(shí)用戶，但今年3月她刪除了自己的賬號(hào)，因?yàn)樗X得這讓她心煩意亂，浪費(fèi)了她的時(shí)間?，F(xiàn)在她把時(shí)間花在了instagram上。 雖然布魯澤斯承認(rèn)轉(zhuǎn)而使用facebook旗下另一項(xiàng)服務(wù)讓人覺得諷刺，但她說蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%度進(jìn)行歸一化。從圖 a 中，可以看出編輯距離的分布在反饋后向小端發(fā)生了移動(dòng)；而另一方面從圖 b 中，反饋后的序列相比抗菌肽序列，有更高的內(nèi)在編輯距離。這些表明該模型沒有過度擬合/復(fù)制單個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)。 已知成的數(shù)據(jù)點(diǎn)，以獲取基因組以外的有用屬性。蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%質(zhì)來判斷了。 　　下圖 a 顯示了已知抗菌肽和反饋前、后合成基因的蛋白質(zhì)之間的平均編輯距離直方圖。圖 b 顯示了抗菌肽蛋白內(nèi)以及反饋后合成基因序列編碼的蛋白內(nèi)的內(nèi)在編輯距離。所有的編輯距離通過序列的長

的有效性。 　　分析器對(duì)生成器輸出的抗菌性預(yù)測(cè)是否在不犧牲基因結(jié)構(gòu)的同時(shí)隨著時(shí)間而優(yōu)化？ 　　從基因序列和所編碼的蛋白質(zhì)性質(zhì)上來看，產(chǎn)生的基因序列是否與已知抗菌肽基因相似，也即是否過度擬合？ 　　問蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%學(xué)是生物科學(xué)在 21 世紀(jì)才剛剛出現(xiàn)的一個(gè)分支學(xué)科，其研究方法就是從基本的要素系統(tǒng)地去設(shè)計(jì)和合成生物物質(zhì)（例如合成蛋白質(zhì)、dna 片段等）。據(jù)雷鋒網(wǎng)了解，近年來合成生物學(xué)成長很快，科學(xué)家們已經(jīng)不局限們提出了一種新型反饋循環(huán)架構(gòu)，稱之為 feedback gan（fbgan）。該模型使用外部函數(shù)分析器優(yōu)化合成基因序列以獲得所需特性。我們所提出的這個(gè)架構(gòu)具有分析器不需要可微分的優(yōu)點(diǎn)。我們將反饋循環(huán)機(jī)蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%作者使用這個(gè)模型做了兩個(gè)案例實(shí)驗(yàn)：1）生成抗菌肽的編碼 dan 序列；2）生成α-螺旋抗菌肽的編碼 dan 序列。其中前者對(duì)細(xì)菌、病毒和真菌具有廣泛的抗菌活性，由于它們通常很短（少于 50 個(gè)酸），gan 和分析器在一定的預(yù)訓(xùn)練歷元（pretraining epochs）后通過反饋機(jī)制連接起來，這時(shí)候發(fā)生器（generator）才能產(chǎn)生有效序列。一旦反饋機(jī)制開始，在每個(gè)歷元中，發(fā)生器 g 產(chǎn)生蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%學(xué)是生物科學(xué)在 21 世紀(jì)才剛剛出現(xiàn)的一個(gè)分支學(xué)科，其研究方法就是從基本的要素系統(tǒng)地去設(shè)計(jì)和合成生物物質(zhì)（例如合成蛋白質(zhì)、dna 片段等）。據(jù)雷鋒網(wǎng)了解，近年來合成生物學(xué)成長很快，科學(xué)家們已經(jīng)不局限成蛋白與每個(gè)amp之間的距離，然后繪制平均值。 　amps 和反饋后產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的組內(nèi)編輯距離，以評(píng)估反饋循環(huán)后 gan 產(chǎn)生的基因的變異性。 組內(nèi)編輯距離通過從組中選擇 500 個(gè)序列并計(jì)算組中每個(gè)蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%質(zhì)中有五個(gè)（長度、摩爾重量、芳香性、博曼指數(shù)、疏水性）在反饋后接近抗菌肽，但其他幾個(gè)卻偏離很大?？紤]到分析器只是分析基因序列，而沒有考慮這些生理化學(xué)性質(zhì)，所以反饋機(jī)制沒有直接優(yōu)化這些性質(zhì)，也合情合理。

于非常辛苦地進(jìn)行基因剪接，而是開始構(gòu)建遺傳密碼，以期利用合成的遺傳因子構(gòu)建新的生物體。有人甚至認(rèn)為合成生物學(xué)將催生下一次生物技術(shù)革命。合成生物學(xué)在很多領(lǐng)域?qū)⒕哂械膽?yīng)用前景，例如更有效的的生產(chǎn)、蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%常 gan 的訓(xùn)練一樣了。隨著反饋過程的繼續(xù)，在每個(gè)歷元中，鑒別器 d 的整個(gè)訓(xùn)練集都將被分析器中分?jǐn)?shù)的生成序列所替換。 　　結(jié)果 　　按照上述模型的流程進(jìn)行試驗(yàn)后，作者通過兩項(xiàng)標(biāo)準(zhǔn)測(cè)量了 fbgan親和力，或者所生成的大分子的二級(jí)結(jié)構(gòu)等。 　　因此作者在文章中，提出了一種新的利用 gan 生成 dan 的反饋循環(huán)機(jī)制，并使用單的預(yù)測(cè)期（稱為「函數(shù)分析器」）來優(yōu)化這些序列，以獲得期望的屬性。蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%預(yù)測(cè)為抗微生物，概率大于0.99。 　以三個(gè)閾值 [0.5,0.8,0.95] 的概率預(yù)測(cè)為抗菌性的序列的百分比。雖然 0.8 被用作反饋的截止點(diǎn)，但在 0.95 以上的序列的百分比在反饋訓(xùn)練期間用來編碼可變長度蛋白質(zhì)的合成 dan 序列。 　　當(dāng)然若要合成的分子可以應(yīng)用于各種真實(shí)環(huán)境中，則不僅僅是要用 gans 生成新型的序列，還需要根據(jù)所需性質(zhì)對(duì)產(chǎn)生的序列進(jìn)行優(yōu)化，例如序列對(duì)特定配體的蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%度進(jìn)行歸一化。從圖 a 中，可以看出編輯距離的分布在反饋后向小端發(fā)生了移動(dòng)；而另一方面從圖 b 中，反饋后的序列相比抗菌肽序列，有更高的內(nèi)在編輯距離。這些表明該模型沒有過度擬合/復(fù)制單個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)。 已知序列的可取性。例如在α-螺旋肽編碼 dan 序列的案例中，作者用 web 服務(wù)器作為分析器，返回一個(gè)基因編碼α-螺旋殘基的數(shù)量。分析器甚至也可以是一個(gè)科學(xué)家，他們可以通過實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證生成的基因序列。蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%成的數(shù)據(jù)點(diǎn)，以獲取基因組以外的有用屬性。

親和力，或者所生成的大分子的二級(jí)結(jié)構(gòu)等。 　　因此作者在文章中，提出了一種新的利用 gan 生成 dan 的反饋循環(huán)機(jī)制，并使用單的預(yù)測(cè)期（稱為「函數(shù)分析器」）來優(yōu)化這些序列，以獲得期望的屬性。蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%的有效性。 　　分析器對(duì)生成器輸出的抗菌性預(yù)測(cè)是否在不犧牲基因結(jié)構(gòu)的同時(shí)隨著時(shí)間而優(yōu)化？ 　　從基因序列和所編碼的蛋白質(zhì)性質(zhì)上來看，產(chǎn)生的基因序列是否與已知抗菌肽基因相似，也即是否過度擬合？ 　　問用于帶有反饋回路機(jī)制的生物序列合成； 　　他們證明了這種訓(xùn)練機(jī)制對(duì)于所有類型的分析器都有很強(qiáng)的魯棒性，可以針對(duì)特定的特性設(shè)計(jì)特定的分析器。例如作者分別采用 rnn 分析器和 psipred 分析器優(yōu)化蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%質(zhì)來判斷了。 　　下圖 a 顯示了已知抗菌肽和反饋前、后合成基因的蛋白質(zhì)之間的平均編輯距離直方圖。圖 b 顯示了抗菌肽蛋白內(nèi)以及反饋后合成基因序列編碼的蛋白內(nèi)的內(nèi)在編輯距離。所有的編輯距離通過序列的長（feedback gan，fbgan）由兩部分組成。 個(gè)部分為 gan（準(zhǔn)確的說，作者采用了 gan 的變體 wasserstein gan，wgan），它產(chǎn)生的新型基因序列不具有任何性質(zhì)。蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%而促進(jìn)生物分子設(shè)計(jì)的進(jìn)程。 　　生成對(duì)抗網(wǎng)絡(luò)（gans）則代表了將 ai 技術(shù)應(yīng)用于合成生物學(xué)中，來生成（例如基因、蛋白質(zhì)、物等）的一種新穎的方法。作者在本文中即利用了 gans 技術(shù)，生成用于帶有反饋回路機(jī)制的生物序列合成； 　　他們證明了這種訓(xùn)練機(jī)制對(duì)于所有類型的分析器都有很強(qiáng)的魯棒性，可以針對(duì)特定的特性設(shè)計(jì)特定的分析器。例如作者分別采用 rnn 分析器和 psipred 分析器優(yōu)化蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%質(zhì)中有五個(gè)（長度、摩爾重量、芳香性、博曼指數(shù)、疏水性）在反饋后接近抗菌肽，但其他幾個(gè)卻偏離很大。考慮到分析器只是分析基因序列，而沒有考慮這些生理化學(xué)性質(zhì)，所以反饋機(jī)制沒有直接優(yōu)化這些性質(zhì)，也合情合理。

對(duì)的基因序列需要進(jìn)一步探索； 　　在文中作者為了降低難度，而專注于生成具有明確的起始/終止密碼子結(jié)構(gòu)并且只有四個(gè)核苷酸的基因序列，那么能否直接生成蛋白質(zhì)序列（有 26 個(gè)酸）呢？這也需要進(jìn)一步探索。蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%gan 和分析器在一定的預(yù)訓(xùn)練歷元（pretraining epochs）后通過反饋機(jī)制連接起來，這時(shí)候發(fā)生器（generator）才能產(chǎn)生有效序列。一旦反饋機(jī)制開始，在每個(gè)歷元中，發(fā)生器 g 產(chǎn)生序列與每個(gè)其他序列之間的距離來計(jì)算; 然后取這些距離的平均值并繪制出來。 　　另一方面是通過測(cè)量所得蛋白質(zhì)的生理化學(xué)性質(zhì)來看其相似性，如下表所示。從表中可以看出，由閉環(huán)序列編碼的蛋白質(zhì)在十個(gè)物理化學(xué)性蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%用于帶有反饋回路機(jī)制的生物序列合成； 　　他們證明了這種訓(xùn)練機(jī)制對(duì)于所有類型的分析器都有很強(qiáng)的魯棒性，可以針對(duì)特定的特性設(shè)計(jì)特定的分析器。例如作者分別采用 rnn 分析器和 psipred 分析器優(yōu)化用來編碼可變長度蛋白質(zhì)的合成 dan 序列。 　　當(dāng)然若要合成的分子可以應(yīng)用于各種真實(shí)環(huán)境中，則不僅僅是要用 gans 生成新型的序列，還需要根據(jù)所需性質(zhì)對(duì)產(chǎn)生的序列進(jìn)行優(yōu)化，例如序列對(duì)特定配體的蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%第二個(gè)部分是分析器，在個(gè)使用案例中，作者選用一個(gè)可微分神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)作為分析器，它接收基因序列并預(yù)測(cè)序列編碼抗菌肽的概率。 　　事實(shí)上分析器是一個(gè)黑箱，它的作用就是接收基因序列，并用一個(gè)分?jǐn)?shù)來預(yù)測(cè)基因因此用來作為 gans 模型的案例很具優(yōu)勢(shì)。第二個(gè)案例，主要是考慮到蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)（例如α-螺旋或β-折疊）的問題，這種二級(jí)機(jī)構(gòu)即使在較短的肽中也會(huì)出現(xiàn)。 　　模型 　　如下圖所示，反饋 gan 模型蘭州訂做魚缸定做%歡迎光臨%度進(jìn)行歸一化。從圖 a 中，可以看出編輯距離的分布在反饋后向小端發(fā)生了移動(dòng)；而另一方面從圖 b 中，反饋后的序列相比抗菌肽序列，有更高的內(nèi)在編輯距離。這些表明該模型沒有過度擬合/復(fù)制單個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)。 已知

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