醫(yī)院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計(jì)，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進(jìn)行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學(xué)藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區(qū)可以用太陽(yáng)能?；蛘哂梅贌ㄌ幚恚ㄒ娢勰喾贌?。化學(xué)藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時(shí),有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時(shí)，污泥的pH值達(dá)到12后，保持半小時(shí)以上，效果好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產(chǎn)物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬(wàn)倫琴。用此法對(duì)污泥消毒不產(chǎn)生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費(fèi)用較高。

傳染病醫(yī)院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進(jìn)入預(yù)消毒池進(jìn)行消毒處理后進(jìn)入調(diào)節(jié)池，病人的糞便應(yīng)先立消毒后，通過下水道進(jìn)入化糞池或單處理（如虛線所示）。各構(gòu)筑物須在密閉的環(huán)境中運(yùn)行，通過統(tǒng)一的通風(fēng)系統(tǒng)進(jìn)行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統(tǒng) 好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機(jī)污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應(yīng)器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續(xù)消毒。 適用于傳染病醫(yī)院(包括帶傳染病房的綜合醫(yī)院)和排入自然水體的綜合醫(yī)院處理。

根據(jù)國(guó)家環(huán)?？偩值挠嘘P(guān)規(guī)定（國(guó)家環(huán)?？偩?醫(yī)院污水處理技術(shù)指南.2003.12（環(huán)發(fā)（2003）197號(hào) ），將各類醫(yī)院按性質(zhì)分為綜合醫(yī)院和傳染病醫(yī)院兩類，與衛(wèi)生系統(tǒng)對(duì)醫(yī)院及醫(yī)療機(jī)構(gòu)的劃分方法有差別。其中傳染病醫(yī)院指?jìng)魅拘约膊？漆t(yī)院和帶傳染病房的綜合醫(yī)院，綜合醫(yī)院為不帶傳染病房的綜合醫(yī)院和各類非傳染性疾病的專科醫(yī)院。醫(yī)院污水凈化包括綜合醫(yī)院、中醫(yī)醫(yī)院、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院、民族醫(yī)院和?？漆t(yī)院（傳染病醫(yī)院（包括結(jié)核病院）、心血管病醫(yī)院、腫瘤醫(yī)院、口腔醫(yī)院、婦產(chǎn)科醫(yī)院和精神病醫(yī)院等等）各類醫(yī)院污水的處理，同時(shí)也包括療養(yǎng)院、康復(fù)醫(yī)院等其它醫(yī)療機(jī)構(gòu)和獸醫(yī)院的污水處理工程。