醫(yī)院污水主要來自診療室，病房，化驗室，手術(shù)室，洗衣房，行政管理部門以及食堂，宿舍等排放的污水，主要污染物為有機污染物，病原微生物及病毒。醫(yī)院污水現(xiàn)在只經(jīng)格柵除渣及消毒后處理既排放，采用二氧化氯消毒劑，余氯和細(xì)菌學(xué)指標(biāo)能達標(biāo)，但有機物未被去除。為了全面達標(biāo)，醫(yī)院增加了曝氣生物濾池污水處理工藝處理污水。考慮到該醫(yī)院污水處理廠占地有限以及水中含有一定量消毒劑的特點，決定采取負(fù)荷高，占地少，對進水有機物濃度范圍適應(yīng)性錢的曝氣生物濾池工藝。

二氧化氯法：二氧化氯(ClO2)是一種強氧化劑，它在水中的溶解度是氯的5倍，其氧化能力是氯氣的215倍左右。它可以殺滅一切微生物，同時有效破壞水中的微量有機污染物，很好地氧化水中一些還原狀態(tài)的金屬離子。其大的優(yōu)點在于與腐殖質(zhì)及有機物反應(yīng)幾乎不產(chǎn)散性有機鹵化物，不生成并抑制生成有致癌作用的三鹵甲烷，也不與氨及氨基化合物反應(yīng)，因此非常適合用于醫(yī)院污水處理。

醫(yī)院排出的放射性廢水常用貯存衰減法處理。醫(yī)院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24鈉等是半衰期較短的同位素，因此可以將放射性污水貯存于地下衰變水池內(nèi),貯存時間為10倍于半衰期,把放射性濃度降到容許排放的程度。如果放射性污水的濃度很低，水量很小，也可用稀釋法處理。中國的《放射性防護規(guī)定》要求每一微居里放射性同位素達到容許排放濃度需稀釋水量1.67米3。當(dāng)放射性污水濃度很高,放射性的半衰期很長，不宜用貯存法和稀釋法處理時，可用蒸發(fā)法、離子交換法或凝聚沉淀法進行分離濃縮處理（見放射性廢水處理）。
對于綜合醫(yī)院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預(yù)處理→強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環(huán)境產(chǎn)生的不良影響。 醫(yī)用污水處理的強化處理一般采用混凝沉淀、過濾、氣浮等工藝。過濾的固液分離方式需要反沖，操作管理較為復(fù)雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導(dǎo)致二次污染。所以醫(yī)用污水中一般采用混凝沉淀工藝。
傳染病醫(yī)院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預(yù)消毒池進行消毒處理后進入調(diào)節(jié)池，病人的糞便應(yīng)先立消毒后，通過下水道進入化糞池或單處理（如虛線所示）。各構(gòu)筑物須在密閉的環(huán)境中運行，通過統(tǒng)一的通風(fēng)系統(tǒng)進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統(tǒng) 好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應(yīng)器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續(xù)消毒。 適用于傳染病醫(yī)院(包括帶傳染病房的綜合醫(yī)院)和排入自然水體的綜合醫(yī)院處理。
簡易生化處理工藝的流程為“沼氣凈化池→消毒”。沼氣凈化池分為固液分離區(qū)、厭氧濾池和沉淀過濾區(qū)。三區(qū)的主要功能分別為去除懸浮固體，吸附膠體和溶解性物質(zhì)，進一步去除和降解有機污染物，后通過沉淀和過濾單元去除剩余懸浮物和降解有機污染物，出水質(zhì)量。所產(chǎn)生沼氣根據(jù)氣量大小作不同的處理，當(dāng)1m3污泥制取沼氣達15m3以上時，收集利用；當(dāng)1m3污泥制取沼氣不足15m3時，收集燃燒處理。 沼氣凈化池利用厭氧消化原理進行固體有機物降解。沼氣凈化池的處理效率優(yōu)于腐化池和沼氣池，造價低、動力消耗低，管理簡單。 作為對于邊遠(yuǎn)山區(qū)、經(jīng)濟欠發(fā)達地區(qū)醫(yī)用處理的過渡措施，逐步實現(xiàn)二級處理或加強處理效果的處理。