保存于地層中的古生物遺體、遺物或遺跡，埋藏在地下，經(jīng)過(guò)自然界的作用，變化而成的保留原物體、遺跡形狀、結(jié)構(gòu)或印模的鈣化、碳化、硅化、礦化的東西。研究化石可了解生物的發(fā)展情況，并能據(jù)以確定地層的年代。艾青《魚(yú)化石》詩(shī)：“凝視著一片化石，傻瓜也得到教訓(xùn)：離開(kāi)了運(yùn)動(dòng)，就沒(méi)有生命。

化石作為煉丹材料 煉丹。 唐 駱賓王《代女道士王靈妃贈(zèng)道士李榮》詩(shī)：“漫道燒丹止七飛，空傳化石曾三轉(zhuǎn)。”

《山海經(jīng)》也有“石魚(yú)”（即魚(yú)化石）的記述；南朝齊梁時(shí)期陶弘景有對(duì)琥珀中古昆蟲(chóng)的記述；宋朝沈括對(duì)螺蚌化石和杜綰對(duì)魚(yú)化石的起源，已有了正確認(rèn)識(shí)。迄今，發(fā)現(xiàn)早的細(xì)菌化石為距今35億年前的澳大利亞瓦拉翁納群中的絲狀細(xì)菌化石。

植物的化石包括根、木、葉、種子、果實(shí)、花粉、孢子、植石和琥珀。化石陸上植物
在陸地上、湖泊中、河流里以及近海內(nèi)的地層都有被發(fā)現(xiàn)到?；ǚ?、孢子和藻類(lèi)（溝鞭藻門(mén)和疑源類(lèi)）被用來(lái)界分地層巖石的順序。殘留的植物化石并不如動(dòng)物化石那么普遍，然而植物化石在世界上許多地區(qū)之內(nèi)，都可以有大量的發(fā)現(xiàn)。

煤系地層是生存于古生代時(shí)的植物的化石的主要來(lái)源。煤炭礦是采集化石好的場(chǎng)所，而且碳本身便是化石植物的殘留，雖然植物化石的結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)很少會(huì)留在碳中。在蘇格蘭格拉斯哥維多利亞公園中的化石森林里，有發(fā)現(xiàn)鱗木的樹(shù)干。


松柏和開(kāi)花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹(shù)和棕櫚樹(shù)等化石常被找到。
石化木普遍存在于世界的部份地區(qū)，且常在酸性及沙漠地區(qū)中所發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槟切┑胤胶苋菀滓蚯治g作用而暴露。石化木通常都被嚴(yán)重地硅化（有機(jī)質(zhì)被二氧化硅取代），且生殖組織常會(huì)被保存在良好的狀態(tài)。此類(lèi)的樣本有些會(huì)使用寶石雕琢的裝置來(lái)切割及磨光。石化木的石化林已在每個(gè)大陸中被發(fā)現(xiàn)。