化石是資源，保護(hù)工作面臨諸多挑戰(zhàn)。自然風(fēng)化、人為破壞和非法采集都威脅著化石遺產(chǎn)。各國通過建立自然保護(hù)區(qū)、立法保護(hù)和公眾教育等措施應(yīng)對(duì)這些挑戰(zhàn)。例如，美國《古生物資源保護(hù)法》和中國《古生物化石保護(hù)條例》都為重要化石提供了法律保護(hù)。

現(xiàn)代技術(shù)為化石研究帶來了革命性變化。高分辨率CT掃描可以非破壞性地觀察化石內(nèi)部結(jié)構(gòu)，甚至揭示隱藏在巖石中的標(biāo)本。同步輻射技術(shù)能夠顯示化石中微小的化學(xué)組成差異。同位素分析通過測量化石中穩(wěn)定同位素比例，推斷古生物的食性和古環(huán)境條件。分子古生物學(xué)則試圖從化石中提取古代DNA或其他生物分子，雖然技術(shù)挑戰(zhàn)但前景廣闊。

根據(jù)生物分類和保存特征，化石可分為多個(gè)主要類型。微體化石包括有孔蟲、放射蟲、硅藻等微小生物的遺骸，雖然個(gè)體微小但數(shù)量，對(duì)確定地層年代特別有用。植物化石從早期的藻類到高等植物的葉片、花粉和木材都有保存，其中硅化木是樹干被二氧化硅置換形成的精美化石。無脊椎動(dòng)物化石為豐富，包括三葉蟲、菊石、腕足類等已滅絕類群，它們的外殼容易保存為化石。